Сюжет увлекательной фантастической киноленты «Агент разведки» происходит на засекреченной военной базе в пустынях Нью-Мексико, скрытой от посторонних глаз. Именно в этом месте начинают происходить весьма странные события. Группа квалифицированных военных, специализирующихся на расследовании аномальных явлений, получает приказ изучить таинственное энергетическое возмущение, которое вызывает сбои в системах связи и навигации в радиусе сотен километров. Ходят слухи, что база связана с исследованиями инопланетных технологий, найденных после загадочных крушений, но официальных подтверждений им нет. По прибытии на место команда сталкивается с непонятным. Персонал базы либо исчез, либо находится в состоянии паники. Бесчисленные коридоры базы заполнены следами борьбы, разрушенной техникой и странными символами, которые не удаётся сразу идентифицировать. Оперативники начинают подозревать, что дело обстоит гораздо серьёзнее, чем они могли предположить.
Вскоре команда выходит на контакт с существом, которое, по всей видимости, является источником энергетических возмущений. Это не просто неизвестная форма жизни, а существо с поразительными способностями. Оно обладает невероятной силой, молниеносной скоростью и — самое ужасное — способностью подчинять других существ своей воле. Захваченные им жертвы превращаются в бездумных воинов, полностью подчинённых его приказам. Среди них есть и бывшие сотрудники базы, которые теперь охотятся на команду. Выясняется, что существо было «пробуждено» в результате экспериментов с инопланетными артефактами, которые были обнаружены несколько десятилетий назад. Учёные пытались использовать эти технологии для создания оружия, но не осознавали, что открывают дверь в неизвестный и враждебный мир. Это существо является не просто инопланетным организмом. Он своего рода командир, управляющий армией и рассматривает людей как препятствие, которое нужно устранить, чтобы достичь своего предназначения.