Сюжет увлекательного мультфильма «Ночь в зоопарке» начинается с того, как обитающий в зоопарке белый пушистый кролик случайно обнаруживает и проглатывает фрагмент упавшего метеорита. После этого безобидный зверек превращается в гигантского монстра, обладающего нечеловеческим интеллектом, силой и способностью мутагенной трансформации. У него есть возникает план, подчинить себе весь зоопарк. С помощью загадочной энергии метеорита он создаёт жуткие гибриды из обычных животных. В клетках появляются зебра-роги, горило-рыбы и слоно-змеи – жуткие, но послушные его воле существа. Они постепенно заполняют весь зоопарк, превращая некогда мирное место в кошмарный биологический эксперимент. Кажется, никто не может противостоять восставшему чудовищу, но у зоопарка появился неожиданный защитник.
На днях сюда завезли дикого горного льва – сильного, умного и абсолютно не готового становиться частью безумного плана кролика. Он быстро понимает, что единственный способ выжить – это создать свою собственную команду, способную дать отпор мутировавшим тварям. Среди его союзников – животные, которые пока ещё не подверглись заражению. Хитрая рысь, мощный носорог, быстрый гепард и мудрый старый орлан – каждый из них обладает особыми способностями, которые могут помочь спасти зоопарк. Но времени остаётся всё меньше – кролик со своими созданиями уже охотится за ними. С этого самого момента перед командой стоит непростая задача, найти способ остановить заражение, не попасться в лапы мутантов и победить могущественного врага, чей интеллект растёт с каждой минутой. Сможет ли группа обычных животных противостоять существу, обладающему силой, способной изменять законы природы?