Действие увлекательного фильма «Волны» происходит в Чехословакии, в конце 1960-х годов. В это время страна переживает краткий период относительной свободы, известный как Пражская весна. Однако над этим коротким расцветом демократии уже нависает угроза. В стране происходит усиление цензуры, а также у людей появляется страх перед грядущими репрессиями. Главными героями этой киноленты являются двое братьев, Томаш и Павел. Они остались сиротами в обществе, в котором одиночество и страх перед властями стали неотъемлемой частью повседневной жизни. Павел, младший из братьев, еще школьник, полон юношеского максимализма и жажды перемен. Он участвует в подпольных дискуссиях со своими одноклассниками, обсуждая возможности сопротивления системе, и вскоре оказывается втянут в рискованные акции против власти. Старший брат, Томаш, напротив, вынужден быстро повзрослеть, взять на себя ответственность за их общий быт и найти работу, чтобы обеспечить их обоих.
Случайное стечение обстоятельств приводит его в радиостудию, в которой ему предлагают должность техника. Для него это шанс не только обеспечить их с братом, но и стать частью мира, который вскоре окажется в самом центре противостояния с системой. На радио он знакомится с группой независимых журналистов, людей, рискующих всем, чтобы донести до общества правду. Они стараются сопротивляться цензуре, передавая в эфир честные новости, зная, что за этим могут последовать преследования со стороны Службы государственной безопасности (StB). Постепенно Томаш оказывается втянут в этот водоворот борьбы. Он видит, как его новые знакомые подвергаются давлению, как одни из них вынуждены бежать, а другие исчезают бесследно. В то же время он узнает, что его младший брат попал под наблюдение спецслужб за участие в нелегальной деятельности. Для Павла это всего лишь смелый юношеский вызов системе, но для StB, повод для жестких мер. Перед Томашем встает мучительный выбор: оставаться в стороне, рискуя потерять брата, или найти способ его защитить. Единственный выход, подписать соглашение о сотрудничестве с Службой госбезопасности. Это решение становится для него тяжелым моральным испытанием, с одной стороны, он спасает Павла от неминуемых последствий, с другой, теперь сам становится частью машины, которую так ненавидит. Оказавшись между двумя мирами, он вынужден балансировать на грани предательства и самопожертвования, пытаясь понять, есть ли у него еще шанс сохранить свою совесть и защитить самое дорогое, что у него осталось, своего брата.