Геймдизайнер Томас Андерсон прославился благодаря созданию трилогии игр «Матрица». Хотя реальность вокруг него иногда даёт сбои и показывает свою истинную природу, бывший Нео регулярно посещает психотерапевта, принимает назначенные ему таблетки и почти убедил себя, что всё происходящее — лишь плод его воображения. Однако однажды в его жизнь вмешивается хакерша по имени Багз, предлагая вновь последовать за белым кроликом. Эта неожиданная встреча заставляет Томаса задуматься о своей истинной природе и прошлом. Багз убеждает его, что мир, в котором он живёт, далеко не так прост, как кажется, и что его предназначение не завершено. Вновь столкнувшись с выбором между привычной иллюзией и неизвестной правдой, Томас оказывается на перепутье.
Приняв предложение Багз, он погружается в мир, который думал, что оставил позади. Вместе они начинают исследовать глубины Матрицы, раскрывая её новые тайны и сталкиваясь с опасностями, которые ставят под угрозу их существование. Это путешествие становится не только борьбой за освобождение разума, но и поиском истинного себя. Томасу предстоит вновь стать Нео и использовать свои способности, чтобы противостоять силам, контролирующим реальность. На этом пути он обретает новых союзников и сталкивается со старыми врагами, осознавая, что его роль в этой истории ещё далеко не завершена.