Главными героями увлекательного анимационного сериала Мини-ниндзя являются шестеро сирот. Каждый из них обладает уникальными способностями и проходит обучение у древних мастеров ниндзюцу. Под руководством опытного наставника, мудрого и вдохновляющего Сэнсэя Кэйто, они изучают не только классические боевые искусства, но и искусство управления временем. Стоит заметить, что воины владеющие данным искусством обладают уникальной способностью двигаться с невероятной скоростью и незаметностью, превосходно используя технику камуфляжа. Это делает их практически невидимыми врагам. Их основная цель — свергнуть жестокого тирана Ашида, который с помощью магических артефактов и армии темных воинов стремится завладеть контролем над миром.
Ашиду поддерживает его внучка Шоко. Она обладает собственными магическими способностями и часто ставит планы ниндзя под угрозу. В частности, она довольно часто использует против них свои, весьма коварные, трюки. Стоит заметить, что буквально в каждом эпизоде данного мультипликационного сериала главные герои сталкиваются с разными испытаниями, которые испытывают их и проверяют, насколько крепка их дружба и сильны боевые навыки. Данная история поведает о поиске и защите древних реликвий, способных изменить баланс сил в мире. Путешествие не только ведет главных героев к великим битвам с врагами, но и дарит понимание собственной внутренней силы.