События увлекательного сериала «13 клиническая. Начало» происходят в альтернативной реальности конца 1970-х годов. В это время СССР вступает в новую эпоху, в которой сверхъестественные явления начинают проникать в жизнь людей. Научное сообщество и военные структуры ищут способы понять и контролировать необъяснимые события. Так появляется проект создания первой в мире клинической больницы, специализирующейся на мистических явлениях. Среди тех, кто решается на участие в этом амбициозном эксперименте, оказывается Яна, талантливый психоневролог, переживающая личную трагедию и пытающаяся убежать от тягот своей жизни. Её путь начинается с того самого момента, когда она получает экстренный вызов в Москву. Брежнев, находясь в контакте с необъяснимой сущностью, оказался в критическом состоянии. В ходе событий Яна оказывается вовлечена в совершенно другой конфликт. Она узнаёт, что её сын был похищен Люцифером и теперь находится у него в заложниках. Люцифер предлагает ей сделку, жизнь её сына в обмен на то, что Яна станет его сосудом в человеческом мире. Понимая, что у неё нет выбора, она соглашается, вступая в игру, в которой ставки намного выше, чем её собственная жизнь.
После успешного спасения лидера страны Яна получает назначение на должность главного врача новой больницы №13. Здесь она и её команда — учёные, врачи и военные специалисты — начинают погружаться в неизведанный мир. Им предстоит лечить пациентов, страдающих от влияния демонических сил, изучать природу паранормальных существ и разрабатывать методы взаимодействия с неизвестными феноменами. Каждый случай становится шагом к пониманию, как управлять этим новым миром. Среди коллег Яны – харизматичный хирург с тёмным прошлым, скептически настроенный физик, верящий только в науку, и загадочная медсестра, которая, похоже, знает о N-явлениях больше, чем говорит. Вместе они сталкиваются с одержимыми пациентами, необъяснимыми болезнями и сущностями, чьи мотивы остаются загадкой. Тем временем правительство СССР видит в мистических явлениях не только угрозу, но и потенциальное оружие. Начинаются тайные эксперименты, направленные на использование N-явлений в военных целях. Это ставит под угрозу не только жизни Яны и её коллег, но и будущее всей больницы.
